Минфин России разъяснил: если есть налоговый агент, инспекция не возвращает излишне удержанный им налог. Вернуть такую переплату должен налоговый агент, то есть работодатель. Переплата возвращается по заявлению сотрудника.  

Если работодатель отказывает сотруднику в возврате, вопрос может быть решен в судебном порядке.

 Документ: Письмо Минфина России от 27.09.2016 N 03-04-05/56176